تتبع اللعبة قصة الفيلم تقريبا، ويقوم اللاعب بدور بروس واين، الذي يدفعه لمحاربة الجريمة هو أنه شهد عملية الاغتيال الوحشية لأبويه في مدينة جوتهام. وفي لعبة باتمان بيجنز، تؤثر عليه هذه الحادثة ولكنه يجب أن يكون غضبه الداخلي متوازنا باستمرار مع إحساسه بالعدالة. وتبدأ اللعبة في جبال الهملايا، حيث تتعلم الفنون السوداء لكي تكون فردا من النينجا وتدرب على يد مجموعة غامضة من المدربين. معلمك هو رجل يسمى دوكارد، والذي قام بالأداء الصوتي لهذه الشخصية في اللعبة هو "ليام نيسون".

وبينما تصل إلى نهاية تدريبك على أيدي دوكارد وفرقته الغريبة من النينجا، ستواجهك مشكلة أخلاقية. هي أن بروس واين الصغير يقرر أن غضبه ورغبته في الثأر لها حدودها، وأنه لن يشترك مع رأي هذه الطائفة التي تسعى للعدالة عن طريق ارتكاب الجرائم. من هنا تنتقل قصة اللعبة إلى مدينة جوتهام، حيث تكشف اللغز وراء تهريب  أقراص الهلوسة الغامضة.
http://www.gamespot.com/ps2/action/batmanbegins/review.html